Aegean Airlines wurde im Jahre 1987, damals allerdings noch unter dem Namen „Aegean Aviation“, gegründet. Im Jahre 2013 übernahm die Airline die griechische Regionalfluggesellschaft Olympic Air. Die Fluggesellschaft konnte schon sehr viele Auszeichnungen entgegennehmen. Sie wurde unter anderem seit 2011 fast durchgehend als „beste Regionalfluggesellschaft Europas“ ausgezeichnet (Skytrax). 2011 konnte sie des Weiteren die Auszeichnung als „weltweit zweitbeste Regionalfluggesellschaft“ entgegennehmen.
Die A3-Flotte besteht aus über 60 Flugzeugen, bestehend aus 38 Airbus A320, acht Airbus A321, einem Airbus A319, vier Dash 8-100, zehn Dash 8-Q400 sowie zwei ATR-Flugzeugen. Neben nationalen Zielen fliegt die Airline auch internationale Ziele innerhalb Europas und dem Nahen Osten an.
Die Airline ist am Flughafen Wien in Terminal 1 zu finden.