Die Gründung der Airline Germania erfolgte 1986. Ihre Flugberechtigung erhielt das Luftfahrtunternehmen anfangs von der Kölner Fluggesellschaft SAT. Daher lagen Firmensitz und Heimatflughafen zunächst in Köln/Bonn. Mit der Verlegung der Hauptstadt nach Berlin erhielt die Fluglinie den Zuschlag als Shuttle zwischen Bonn und Berlin und 1992 eine eigene Lizenz. Seither liegen Sitz und Heimatflughafen in Berlin.
Wegen der fehlenden innerdeutschen Fluglizenz kooperierte das Unternehmen zunächst mit der Deutschen Lufthansa AG. Die Terroranschläge vom 11. September 2001 führten zu frei werdenden Slots. Der Fluglinie boten sich dadurch neue Optionen. Als Resultat erfolgte 2001 der erste eigenverantwortliche innerdeutsche Flug von Berlin nach Frankfurt am Main.
2014 gründete die Fluglinie gemeinsam mit Hotelplan die Schweizer Tochtergesellschaft HolidayJet mit Sitz in Zürich. Die Kooperation wurde ein Jahr später beendet. Die Flotte besteht aus 25 Flugzeugen der Hersteller Airbus und Boeing. Das Unternehmen bedient viele Urlaubsdestinationen wie den Flughafen Marsa Alam, wo die Flüge am Terminal 1 abgefertigt werden. Der internationale IATA-Code lautet ST.
