Mit der Gründung der Germania Flug GmbH (IATA-Code: ST) im Jahr 1986 wurde dieser die Betriebsgenehmigung von der Kölner Fluggesellschaft Special Air Transport (SAT) übertragen. Anfangs bot die Airline ausschließlich Charterflüge für große Reiseveranstalter wie TUI oder Neckermann an. Als der Sitz der Gesellschaft 1992 nach Berlin verlegt wurde, wurde der so genannte „Beamten-Shuttle“ zum Hauptgeschäft der Airline. Vom neuen Heimatflughafen in Berlin-Tegel pendelten die Flugzeuge zwischen Berlin und Bonn.
Heute ist der Heimatflughafen Berlin-Schönefeld, von wo aus zahlreiche innerdeutsche Flüge nach Rostock, München oder Kassel realisiert werden. Derzeit besteht die Flotte der Luftfahrtgesellschaft aus 12 Airbussen sowie 10 Boeings des Typs 737, mit denen sie auch Reiseziele in Europa und dem Nahen Osten anfliegt.
Vom Flughafen in Bremen erreichen Sie internationale Reiseziele wie Ibiza, Madeira, Rhodos oder Gran Canaria. Die Fluggäste der Germania werden am Flughafen Bremen am Terminal 1 abgefertigt.