Nach der Gründung 1986 wurde die Betriebsgenehmigung der Kölner Fluggesellschaft SAT auf das neue Unternehmen übertragen. Daneben wurde die SAT für das Leasing von Flugzeugen weiterbetrieben. Da eine Berechtigung für innerdeutsche Linienflüge nicht erteilt wurde, arbeitet Germania zunächst mit der Deutschen Lufthansa AG zusammen. Der Firmensitz lag anfangs in Köln und wurde 1992 nach Berlin-Tegel verlegt. Im selben Jahr erhielt die Airline den Zuschlag, um als Shuttle Beamte zwischen Berlin und Köln zu fliegen.
Die Flotte besteht aus acht Airbus A319-100, vier Airbus A321-200 und zehn Boeing B737-700. Das Streckennetz im Linienverkehr umfasst 13 deutsche Flughäfen und 35 internationale Destinationen. Darunter befinden sich viele Urlaubsziele wie zum Beispiel Antalya in der Türkei.