Das Unternehmen TUIfly wurde 2007 gegründet. Die Wurzeln der Fluggesellschaft aber reichen weit zurück. 1972 gründete die Hapag-Lloyd AG die Fluggesellschaft Hapag-Lloyd Flug. Einige Jahrzehnte später rief die TUI Travel die Fluggesellschaft Hapag-Lloyd Express ins Leben. Beide Gesellschaften hatten zwar ähnlich klingende Namen, waren aber voneinander unabhängige Unternehmen.
Wegen der engen Verflechtung von TUI Travel und der Hapag-Lloyd AG, wurden Urlaubsflüge für TUI Travel von beiden Fluggesellschaften durchgeführt. Im Sinne eines einheitlichen Marktauftrittes wurde zunächst Hapag-Lloyd Flug 2002 in Hapagfly umbenannt. 2007 wurden Hapagfly und Hapag-Lloyd Express in der TUIfly zusammengefasst.
Die Fluggesellschaft unterhält vier Boeing 737-700 und 27 Boeing 737-800. Für Ferndestinationen werden Langstreckenflugzeuge anderer Fluggesellschaften angemietet. Vom Flughafen Nürnberg werden überwiegend Destinationen im Mittelmeerraum angeflogen. Die Flüge werden in der Abflughalle 1 abgefertigt.