Der Flughafen Naxos ist ein kleiner Flugplatz, der bereits im Juli 1992 eröffnet wurde. Nur etwa 3-4 Km entfernt vom Stadtzentrum liegt der Airport mit dem IATA-Kürzel JNX. Die relativ kurze Startbahn ist nur 900 Meter lang und erlaubt daher nur eine Anbindung mit Regionalflügen. So ist es für Reisende möglich die regelmäßigen Flüge mit den Airlines Aegean oder Olympic nach Athen zu nutzen. Hier empfiehlt es sich früh zu buchen, da kurzfristig die Flüge aufgrund des begrenzten Angebots meist sehr teuer sind. Für Fluggäste aus Deutschland heißt das, dass ein Zwischenstopp in Athen auf dem Weg in den Urlaub nötig sein wird. Eine Ausnahme davon bilden nur speziell angeforderte Charterflüge. Als Teil der Kykladen ist der Flughafen besonders beliebt und wird jährlich trotz seiner geringen Größe von über 90.000 Passagieren genutzt.
Ankommen und Abfliegen werden Sie vom einzigen Terminal mit seinen zwei Parkpositionen, die nur von Propellerfliegern genutzt werden können. Am Flughafen gibt es lediglich in einer Bar die Möglichkeit Getränke oder Speisen zu konsumieren. Den Weg in die Stadt können Gäste mit einem Taxi antreten. Der Preis dafür beträgt ungefähr 10 Euro. Gerne organisieren die Vermieter von Ferienwohnungen den Transfer gegen ein kleines Entgelt. Allerdings gibt es auch die Möglichkeit einen Mietwagen direkt am Flughafen von verschiedenen Anbietern anzumieten. Damit sind Sie mobil und können die Insel eigenständig entdecken. Eine Übernachtung direkt am Flughafen ist leider nicht möglich. Allerdings gibt es in der Nähe einige Hotels.