Dass ein Flug überbucht ist, kann ebenso zu einem Flugausfall führen wie technische Probleme oder ungünstige Witterungsbedingungen. Häufig kann von der Fluggesellschaft nicht gleich für Ersatz durch einen anderen Flug geschaffen werden. Für solche Fälle gibt es mittlerweile an fast jedem Flughafen der Welt mindestens ein Flughafen-Hotel. Da diese sich meist in unmittelbarer Nähe zum Airport befinden, sind sie mit schallisolierten Fenstern ausgerüstet. So stört garantiert kein Fluglärm die Nachtruhe der Gäste.
Auch wer am Airport Basel-Mülhausen von einem Flugausfall betroffen ist, hat die Möglichkeit, sich kurzfristig im Flughafen-Hotel einzumieten. Etwa 10 Gehminuten vom Flughafen entfernt liegt das „Hôtel F1 Mulhouse Bâle Aéroport“. Es ist ein sehr einfaches 2-Sterne-Hotel, das seinen Gästen neben Parkplätzen und kostenlosem WLAN auch ein All-you-can-eat-Frühstücksbuffet bietet – ideal für Backpacker und Reisende mit kleinem Budget. Wer allerdings auf Restaurant und Wäscheservice nicht verzichten möchte, findet im „Airport Club Hotel“ ein gehobenes Flughafen-Hotel mit 4 Sternen. Es befindet sich in der Ortschaft Blotzheim circa 3 Kilometer nordöstlich vom Flughafen Basel-Mülhausen.